När det gäller förvaltningen av Stenhammar har Kungen och staten ett gemensamt ansvar att vårda egendomen.

Det innebär att:

• Stenhammar, som är ett kungligt kulturarv, kräver särskild skötsel, renovering och drift.
• Stenhammar bedrivs som ett ekologiskt jordbruk. Forskning sker på egendomen, i nära samarbete med Sveriges Lantbruksuniversitet, i syfte att utveckla arbetsmetoder inom jordbruket.
• Stenhammar erbjuder möjlighet till friluftsliv för invånarna i Flen kommun och andra. Bland annat har ett naturreservat inrättats på Stenhammar.

Staten har ett jordägaransvar för Stenhammar medan arrendatorn ansvarar för löpande drift och underhåll. Staten och Kungen kan sluta ett särskilt avtal om större ändringar eller nybyggnationer, vilket har skett i det här fallet. Utöver det förvaltar Kammarkollegiet en särskild av donatorn inrättad fond för renovering och byggnation.

Kungen har de senaste 5 åren investerat ca 30 miljoner kronor på Stenhammar. Detta avser främst jordbruksdriften (fastigheter och maskiner) samt fastighetsrenoveringar. Driften har under motsvarande period resulterat i ett mindre underskott på 600.000 kronor.