
På 1800-talet hade Fjäderholmarna en stor betydelse under brännvinskriget mellan LO Smith och det nya spritmonopolet i Stockholm. I början av 1920-talet tog marinen över öarna för att bygga ammunitionsfabrik.
Kungl. Djurgårdens Förvaltning tog över ansvaret för Fjäderholmarna år 1982 och ett omfattande renoveringsarbete har genomförts.
I dag är Fjäderholmarna ett populärt och uppskattat besöksmål för både stockholmare och turister. Under sommarhalvåret går täta förbindelser mellan fastlandet och ögruppen och här njuter man av skärgårdsmat, hantverk och kultur. Här finns bland annat Allmogebåtsutställning och Spiritum Spritmuseum.
Sedan 1995 ingår Fjäderholmarna i Nationalstadsparken.